- Se ha interpretado que esta canción trata sobre los problemas en Irlanda del Norte, pero Dave Mustaine ha indicado que la canción trata sobre Israel (la madre de Mustaine es judía aunque él es cristiano). En una entrevista con Rock Detector, Mustaine dijo: 'Holy Wars' no habla de ningún lugar específico en el tiempo. No habla de ningún país. Simplemente dice: 'No mires ahora a Israel, podría ser TU patria'.
En la Radio Nacional de Israel, Mustaine dijo: 'He mencionado a Israel en canciones antes, en 'Holy Wars'. Las guerras santas no necesariamente tienen que comenzar en Israel. Puede estar en cualquier lugar. Hay tantas guerras santas teniendo lugar en el mundo ahora mismo de todos modos. La gente está muriendo por una causa. Es tan increíble. - Mustaine ha explicado que la segunda mitad de la canción se inspiró en el cómic. El Castigador , que le encanta (la canción de Megadeth 'Killing Is My Business...and Business is Good' trata sobre El Castigador ). En cuanto a la primera parte, explicó cuando se lanzó el álbum por primera vez que se trataba de una experiencia que sucedió en Irlanda. Dijo Mustaine: 'Había descubierto que el IRA aparentemente no era tan opuesto a los ingleses como me dijeron. Sin embargo, la forma en que me lo describieron fue muy diluida. Entonces, me quedé boquiabierto mientras estaba allí, diciendo: '¡Este es por la causa! ¡Anarquía en Irlanda! ¡Devuélvanle Irlanda a los irlandeses! Recibí muchas críticas de la prensa inglesa, y muchas de los irlandeses... ¡y me importa un carajo el IRA!'
